该司法解释的修改除了类似于第一部分介绍的法律依据的调整（两个司法解释引言的修改）、根据《民法典》将"侵犯植物新品种权"的表述修改为"侵害植物新品种权"（最高人民法院《关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》名称、第1条、第3条、第8条的修改）、将"行政主管机关植物新品种复审委员会"修改为"植物新品种审批机关"（最高人民法院《关于审理植物新品种纠纷案件若干问题的解释》第5条、第6条的修改）、根据《民事诉讼法》修改将"鉴定结论"修改为"鉴定意见"（最高人民法院《关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》第4条）、根据《民事诉讼法》修改使用行为保全的表述（最高人民法院《关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》第5条）之外，还有案由管辖方面的调整，以及。

1.受案范围与案由的调整。将最高人民法院《关于审理植物新品种纠纷案件若干问题的解释》第1条修改为，"人民法院受理的植物新品种纠纷案件主要包括以下几类：（一）植物新品种申请驳回复审行政纠纷案件；（二）植物新品种权无效行政纠纷案件；（三）植物新品种权更名行政纠纷案件；（四）植物新品种权强制许可纠纷案件；（五）植物新品种权实施强制许可使用费纠纷案件；（六）植物新品种申请权权属纠纷案件；（七）植物新品种权权属纠纷案件；（八）植物新品种申请权转让合同纠纷案件；（九）植物新品种权转让合同纠纷案件；（十）侵害植物新品种权纠纷案件；（十一）假冒他人植物新品种权纠纷案件；（十二）植物新品种培育人署名权纠纷案件；（十三）植物新品种临时保护期使用费纠纷案件；（十四）植物新品种行政处罚纠纷案件；（十五）植物新品种行政复议纠纷案件；（十六）植物新品种行政赔偿纠纷案件；（十七）植物新品种行政奖励纠纷案件；（十八）其他植物新品种权纠纷案件。"第2条根据《民事诉讼法》《行政诉讼法》的条文变化适应性修改。

修改内容解析：上述修改与最高人民法院《关于修改<民事案件案由规定>的决定》（法〔2020〕346号）和最高人民法院《关于行政案件案由的暂行规定》（法发〔2020〕44号）、最高人民法院《关于增加部分行政案件案由的通知》（法〔2019〕261号）的相关案由保持一致。一方面，拓展植物新品种民事纠纷的案由，增加了植物新品种培育人署名权纠纷案件、植物新品种临时保护期使用费纠纷案件。另一方面，全面拓展植物新品种行政纠纷的案由，在以前规定的植物新品种行政处罚纠纷案件的基础上增加植物新品种行政复议纠纷案件、植物新品种行政赔偿纠纷案件、植物新品种行政奖励纠纷案件。

2.管辖的调整。将最高人民法院《关于审理植物新品种纠纷案件若干问题的解释》第3条修改为，"本解释第一条所列第一至五类案件，由北京知识产权法院作为第一审人民法院审理；第六至十八类案件，由知识产权法院，各省、自治区、直辖市人民政府所在地和最高人民法院指定的中级人民法院作为第一审人民法院审理。当事人对植物新品种纠纷民事、行政案件第一审判决、裁定不服，提起上诉的，由最高人民法院审理。"

修改内容解析：一方面，第3条的修改对以植物新品种审批机关为被告的植物新品种行政诉讼的管辖作出明确。修改之前的条文表述为此类案件由北京市第二中级人民法院作为第一审人民法院审理。事实上，上述规定已经被《最高人民法院关于北京、上海、广州知识产权法院案件管辖的规定》修改，该规定明确该类案件由北京知识产权法院作为第一审人民法院审理。此次修改适应了上述规定以及最高人民法院《关于知识产权法庭若干问题的规定》的内容，明确此类案件一审由北京知识产权法院管辖，二审由最高人民法院知识产权法庭管辖。另一方面，第3条明确了除了各省、自治区、直辖市人民政府所在地和最高人民法院指定的中级人民法院之外，知识产权法院对植物新品种民事纠纷案件具有管辖权，同时二审由最高人民法院知识产权法庭管辖。

3.植物新品种侵权行为的明确。此处修改特别重要。将最高人民法院《关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》第2条修改为，"未经品种权人许可，生产、繁殖或者销售授权品种的繁殖材料，或者为商业目的将授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料的，人民法院应当认定为侵害植物新品种权。被诉侵权物的特征、特性与授权品种的特征、特性相同，或者特征、特性的不同是因非遗传变异所致的，人民法院一般应当认定被诉侵权物属于生产、繁殖或者销售授权品种的繁殖材料。被诉侵权人重复以授权品种的繁殖材料为亲本与其他亲本另行繁殖的，人民法院一般应当认定属于为商业目的将授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料。"最高人民法院《关于审理植物新品种纠纷案件若干问题的解释》第4条的修改明确了植物新品种侵权民事诉讼的管辖，基本上适应了上述条文关于侵权行为的表述。具体修改为"以侵权行为地确定人民法院管辖的侵害植物新品种权的民事案件，其所称的侵权行为地，是指未经品种权所有人许可，生产、繁殖或者销售该授权植物新品种的繁殖材料的所在地，或者为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料的所在地。"

修改内容解析：此处修改根据《种子法》调整了《植物新品种保护条例》对侵权行为的界定，总结了司法实践的做法。《种子法》第28条规定，"完成育种的单位或者个人对其授权品种，享有排他的独占权。任何单位或者个人未经植物新品种权所有人许可，不得生产、繁殖或者销售该授权品种的繁殖材料，不得为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料；但是本法、有关法律、行政法规另有规定的除外。"相比而言，《植物新品种保护条例》第6条规定，"完成育种的单位或者个人对其授权品种，享有排他的独占权。任何单位或者个人未经品种权所有人许可，不得为商业目的生产或者销售该授权品种的繁殖材料，不得为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料；但是，本条例另有规定的除外。"修改前的最高人民法院《关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》第2条与《植物新品种保护条例》保持一致，修改后的第2条调整为与《种子法》相同的表述。这显然符合上位法优于下位法的基本逻辑，同时也符合蔡某某、广州市润平商业有限公司侵害植物新品种权纠纷案[1]等体现出的司法实践观点。

4.植物新品种侵权法律责任的明确。将最高人民法院《关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》第6条修改为，"人民法院审理侵害植物新品种权纠纷案件，应当依照民法典第一百七十九条、第一千一百八十五条、种子法第七十三条的规定，结合案件具体情况，判决侵权人承担停止侵害、赔偿损失等民事责任。人民法院可以根据权利人的请求，按照权利人因被侵权所受实际损失或者侵权人因侵权所得利益确定赔偿数额。权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，可以参照该植物新品种权许可使用费的倍数合理确定。权利人为制止侵权行为所支付的合理开支应当另行计算。依照前款规定难以确定赔偿数额的，人民法院可以综合考虑侵权的性质、期间、后果，植物新品种权许可使用费的数额，植物新品种实施许可的种类、时间、范围及权利人调查、制止侵权所支付的合理费用等因素，在300万元以下确定赔偿数额。故意侵害他人植物新品种权，情节严重的，可以按照第二款确定数额的一倍以上三倍以下确定赔偿数额。"将第7条修改为，"权利人和侵权人均同意将侵权物折价抵扣权利人所受损失的，人民法院应当准许。权利人或者侵权人不同意折价抵扣的，人民法院依照当事人的请求，责令侵权人对侵权物作消灭活性等使其不能再被用作繁殖材料的处理。侵权物正处于生长期或者销毁侵权物将导致重大不利后果的，人民法院可以不采取责令销毁侵权物的方法，而判令其支付相应的合理费用。但法律、行政法规另有规定的除外。"

修改内容解析：第一，上述修改与修改后的《专利法》《著作权法》等侵权救济条文保持一致，规定了造成损失、违法所得、许可使用费的合理倍数作为侵权损害赔偿数额的计算标准，同时明确了"权利人为制止侵权行为所支付的合理开支应当另行计算"。通常而言，此处的"合理开支"包括侵权诉讼中的律师费、公证费等。这一点与《种子法》第73条第3款保持一致。第二，上述修改与《种子法》保持一致，将法定赔偿上限提升到300万元。第三，引入植物新品种权惩罚性赔偿制度，明确惩罚性赔偿的适用条件包括"故意侵害他人植物新品种权"和"情节严重"[2]。法律后果是在一倍以上三倍以下确定赔偿数额，并且惩罚性赔偿并不适用于运用法定赔偿标准确定损害赔偿数额的情形。第四，基于节约原则，在侵权物正处于生长期或者销毁侵权物将导致重大不利后果且法律、行政法规没有其他规定的情况下，人民法院可以不采取责令销毁侵权物的方法，此次司法解释修改明确在这种情况下要判令其支付相应的合理费用。

该司法解释的修改除了类似于第一、三部分介绍的法律依据的调整（引言的修改）、按照《民法典》的规定将"其他组织"调整为"非法人组织"（第1条的修改）、基于《最高人民法院关于北京、上海、广州知识产权法院案件管辖的规定》等明确知识产权法院对第一审垄断民事纠纷案件的管辖权（第3条的修改）、基于《民事诉讼法》的修改将市场调查或者经济分析报告"参照鉴定结论进行审查判断"修改为"参照鉴定意见进行审查判断"（第13条的修改）之外，有两处重要调整：

1.合同当然无效制度中增加但书。将第15条修改为，"被诉合同内容、行业协会的章程等违反反垄断法或者其他法律、行政法规的强制性规定的，人民法院应当依法认定其无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。"

修改内容解析：此次修改在上述违法合同当然无效的基础上增加了但书，亦即"该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外"。上述修改与《民法典》第153条保持一致，《民法典》第153条规定，"违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。"通常认为，依据强制性规范是否对私法上行为的法律效力有影响，强制性规范可以分为管理性规范和效力性规范[3]，如果法律行为违反的是管理性规范，则不会导致法律行为无效。因此，未来需要在司法实践中研究讨论《反垄断法》及相关行政法规涉及合同的强制性规定，属于效力性规范，还是管理性规范。

2.诉讼时效的调整。将第16条修改为，"因垄断行为产生的损害赔偿请求权诉讼时效期间，从原告知道或者应当知道权益受到损害以及义务人之日起计算。原告向反垄断执法机构举报被诉垄断行为的，诉讼时效从其举报之日起中断。反垄断执法机构决定不立案、撤销案件或者决定终止调查的，诉讼时效期间从原告知道或者应当知道不立案、撤销案件或者终止调查之日起重新计算。反垄断执法机构调查后认定构成垄断行为的，诉讼时效期间从原告知道或者应当知道反垄断执法机构认定构成垄断行为的处理决定发生法律效力之日起重新计算。原告知道或者应当知道权益受到损害以及义务人之日起超过三年，如果起诉时被诉垄断行为仍然持续，被告提出诉讼时效抗辩的，损害赔偿应当自原告向人民法院起诉之日起向前推算三年计算。自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。"

修改内容解析：一方面，按照《民法典》第188条的规定，将诉讼时效起算点调整为"原告知道或者应当知道权益受到损害以及义务人之日"，增加了"义务人"。另一方面，明确将诉讼时效从两年延长为三年。